L'essentiel du la contributuion du Parc à des programmes de conservation se fait dans le cadre des EEP (Programmes Européens d'Elevage). Ceux-ci orchestrent la collaboration entre les parcs pour l'élevage des expèces classées menacées et dont la reproduction en captivité est difficile. Objectif final : soit préserver une population saine et viable en captivité 'au cas où', soit participer à des programmes de réintroduction dans la nature. le Parc des Oiseaux est inscrit pour 23 programmes de conservation d'espèces menacées, dont 16 EEP.

~ L'Ibis Chauve : Il en reste environ 220 à l'état sauvage, essentiellement au Maroc.

~ Le Cacatoès des Philippines : En 1992, il ne restait probablement qu'un millier. Les experts prévoyaient à 50 % sa probable disparition dans les cinq années suivantes. Heureusement, les choses ont été prises en main et au Parc des Oiseaux un plan de sauvetage a été mis en place.

~ Le Condor des Andes : Un premier jeune est né en 1998 au Parc des Oiseaux, alors que le nombre de naissances totales en captivité dans le monde atteint tout juste 5 à 6 jeunes.

~ Le Vautour Moine : le Parc des Oiseaux est le seul établissement français et un des rares mondiaux à reproduire cette espèce chaque année. 2 jeunes ont déjà été relâchés dans les Cevennes.